土壤采樣時，應在地形相對平坦、穩定的地點，采集20～100cm（深層）不同層次，且具有代表性部位的土壤樣品，每個樣品濕重不少于1kg，分別裝入特質塑料袋，不混合樣品，加標簽帶回實驗室。樣品除去植物根、石塊等，放置陰涼處風干，用玻璃瓶壓碎，采用四分法取棄土，通過80目分樣篩，裝瓶做分析備用。
在采樣現場樣品必須逐件與樣品登記表、避免混淆和玷污。對光敏感的樣品應有避光外包裝。由專人將土壤樣品送回實驗室，送樣者和接樣者雙方同時清點核實樣品，并在樣品交接單上簽字確認，樣品交接單由雙方各存一份備查。
對于易分解或易揮發等不穩定組分的樣品要采取低溫保存的運輸方法，并盡快送到實驗室。
分析測試項目需要新鮮樣品的土樣，采集后用可密封的聚乙烯或玻璃容器在4℃以下避光保存，樣品要充滿容器。避免用含有待測組分或對測試有干擾的材料制成的容器盛裝保存樣品，測定有機物污染物用土壤樣品要選用玻璃容器保存。
